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Computational Mining and Survey of Simple Sequence Repeats (SSRs) in Expressed Sequence Tags (ESTs) of Dicotyledonous Plants
computational mining simple sequence repeats Expressed Sequence Tags
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2015/5/26
DNA markers have revolutionized the field of genetics by increasing the pace of genetic analysis. Simple sequence repeats (SSRs) are repetitions of nucleotide motifs of 1 to 5 bases and are currently ...
Computational Mining and Survey of Simple Sequence Repeats (SSRs) in Expressed Sequence Tags (ESTs) of Dicotyledonous Plants
computational mining simple sequence repeats Expressed Sequence Tags
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2015/1/9
DNA markers have revolutionized the field of genetics by increasing the pace of genetic analysis. Simple sequence repeats (SSRs) are repetitions of nucleotide motifs of 1 to 5 bases and are currently ...
辣椒EST-SSRs 的分布特征及在品种多样性研究中的应用
辣椒 EST-SSR 分子标记 遗传多样性
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2013/9/9
为开发高效实用的EST-SSRs 标记，从120 605 条辣椒无冗余EST 序列中共搜索到10 179条至少含有1 个SSR 的EST 序列，占EST 总数的8.44%。高频重复类型为一核苷酸、二核苷酸和三核苷酸，占EST-SSRs 总数的91.63%。最常见的基元是A/T，其次是TC/GA和CT/AG。设计合成了20 对EST-SSRs引物并对25 份辣椒材料进行了PCR 扩增，结果表明：17...
萝卜EST资源的SSR信息分析及EST-SSRs标记开发
萝卜 EST SSR特征 标记开发
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2012/10/16
从NCBI 数据库下载了287 349 条萝卜EST 序列，经预处理后得到无冗余EST 序列58 105 条，全长38 622.476 kb。利用MISA 搜索SSR 位点，得到含有SSR 位点的EST 序列3 523 条，共3 718 个SSR，平均每10.39 kb 就出现1 个SSR。分析发现萝卜EST 序列中存在265 种重复基元类型，其中二、三、六核苷酸重复是主导的重复基元类型，二核苷酸...
基于高通量测序的红豆杉EST-SSRs标记研究
EST-SSRs标记 高通量测序 表达序列标签
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2013/1/4
利用高通量测序,对红豆杉Taxus cuspidata转录组进行EST-SSRs发掘和研究。方法: 提取红豆杉叶片cDNA,应用454 GS FLX Titanium测序,采用Newbler Assembler Software软件对序列(high-quality sequences)进行从头拼接,获得一致性序列(unique sequences)。用Simple Sequence Repeat ...
昆虫EST资源库的扩充为开发新的分子标记提供了宝贵的资源。本研究对NCBI的EST数据库中来源于麦红吸浆虫Sitodiplosis mosellana唾腺的1 217条EST序列进行了unigene组装、 SSR信息分析和EST-SSR分子标记筛选。结果表明： 在1 047个unigenes中共找到141个SSR位点， 分布于106个（10.12%）unigenes中， 平均每3.49 kb出现一...
蒺藜苜蓿ESTSSRs分布特征及标记的开发
蒺藜苜蓿；ESTSSRs；引物设计；标记开发
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2013/7/3
利用蒺藜苜蓿(Medicago truncatula)EST数据库开发新的ESTSSRs标记，分析ESTSSRs的分布特征。利用SSRIT软件对NCBI上公布的285 285条蒺藜苜蓿EST序列进行SSR序列的检测，共检测出6 688个SSR序列，分布于6 512个EST中，占整个EST数据库的2.28%。其中二核苷酸重复基元出现的频率最高，占总ESTSSRs的34.4%(2 301条)，其...
根据GenBank中公布的247条草棉EST序列，搜索SSR并进行引物设计。其中的25条序列含有27个SSR，1~6碱基重复类型都存在，二碱基和三碱基重复的频率较高。为了明确在A、D和AD基因组中的可转移性，依据25条序列共设计25对EST-SSR引物，其中22对引物扩增出清晰可辨的DNA条带，产生92个多态性片段，平均每对引物产生3.64个多态性片段。引物的多态性信息含量(PIC)在0.49~0...
花生栽培种EST-SSRs分布特征及应用研究
花生栽培种 EST SSR 开发
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2009/11/3
利用自行开发的20 160条花生栽培种荚果EST, 通过序列拼接, 获得8 289条无冗余EST。经搜索, 共检测出740个SSR位点, 分布于651条EST中, 发生频率为7.8%, 平均每6.8 kb EST序列含一个SSR位点。功能注释结果表明具生物过程、分子功能和细胞组分的EST分别为73、111和56条。在花生荚果EST-SSR中, 三核苷酸重复类型出现频率最高, 占总SSR的62.8%...
香蕉SSR分子标记开发和应用有限,通过对棉花SSR分子标记在香蕉中的通用性研究.用1343对棉花EST-SSR引物对贡蕉(AA)和野蕉(BB)两个材料进行转移扩增,得到226对有效扩增的引物.进一步用该226对引物对20个香蕉品种和4个野蕉材料扩增,得到了157对多态性引物.157对多态性引物共扩增到1188个条带,平均7.6个;引物的多态信息含量范围在0.58～0.91之间.依据获得的SSR数据...
栓皮栎天然群体SSR遗传多样性研究Genetic Diversity of Microsatellites（SSRs）of Natural Populations of Quercus variabilis
栓皮栎 微卫星(SSR) 遗传多样性 遗传分化
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2008/1/8
摘要
利用微卫星(SSR)标记对我国4个省内的5个栓皮栎（Quercus variabilis Bl.）天然群体的遗传多样性进行了研究。16对SSR标记揭示了栓皮栎丰富的遗传多样性：等位基因数（A）平均8.4375个，有效等位基因数(Ne)平均为5.9512个，平均期望杂合度(He)0.8059，Nei多样性指数(h)为0.8041。栓皮栎自然分布区中心地带的群体具有较高的遗传多样性，而人为对森...
Comparative Analysis of Genetic Similarity between Perennial Ryegrass Genotypes Investigated With AFLPs, ISSRs, RAPDs and SSRs
marker comparison AFLP ISSR RAPD SSR Lolium perenne L.
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2014/3/13
Perennial ryegrass (Lolium perenne L.) is the most important grass species used in temperate grassland
agriculture. Our objective was to obtain an overview of the genetic relationships between 20 in...
微卫星或简单重复序列(simple sequence repeats, SSR)存在于表达序列标签(expressed sequence tags, ESTs)中. 为了在棉花中开发EST-SSR功能性标记, 利用生物信息学方法对NCBI网上公开的63485条雷蒙德氏棉(Gossypium raimondii Ulbrich) ESTs序列进行EST-SSRs特征分析. 剔除冗余序列, 得到非冗余...
Utilisation of SSRs for Characterisation of the Soybean (Glycine max (L.) Merr.) Genetic Resources
soybean Glycine max (L.) Merr microsatellite genetic diversity
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2014/3/19
The SSR profiles of 67 soybean genotypes of various origins have been detected by 188 alleles at the
18 SSR loci. From 4 to 21 alleles were found at each of these loci (average 10.4 per locus) and t...