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维甲化合物与维甲X受体相互作用模拟及QSAR研究
维甲化合物 维甲X核受体 相互作用 RXR激动剂 分子对接 定量构效关系
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2007/12/24
摘要 用分子对接确定了一系列RXR激动剂与受体的作用方式，与X衍射测得的晶体复合物中9-cis-RA的作用方式相近。对接后的配体-受体复和物经分子力学优化后更接近药效构象，两者相互作用能与活性具有一定的相关性，相关系数R^2=0.64。用活性构象建立的CoMFA模型比低能构象建立的CoMFA模型有更高的可信度，其交叉验证相关系q^2=0.791，非交叉验证相关系数γ^2=0.988，绝对误差SE=...
摘要 应用密度泛函方法(DFT)计算了铁硫金属蛋白中的铁硫簇[Fe~2S~2(SCH~3)~4]^2^-，[Fe~3S~4(SCH~3)~3]^2^-以及[Fe~4S~4(SCH~3)~4]^2^-的几何参数和磁偶合性质。采用对称性破缺态(BS)来描述Fe－Fe自旋偶合。计算结果表明：采用高自旋态(HS)计算的Fe－Fe间距与实验值有较大偏差，而由BS方法所计算的Fe－Fe间距与晶体结构测定数据相...
取代苯分子二阶非线性光学系数的理论计算
苯胺 P 系数 计算 量子化学 硝基苯 P 二阶 非线性光学 微分重叠间忽略近似 非线性材料
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2007/12/23
摘要 用INDO/CI方法研究了苯胺、硝基苯、邻硝基苯胺、间硝基苯胺、对硝基苯胺、2,4-二硝基苯胺的二阶非线性光学极化系数βijk, 用自编程序计算得到的矢量元βx和实验结果相当符合, 表明分子内电子受体和给体之间的电荷转移量和电荷转移的可能性共同决定βx。
强离子键体系电子相关能简捷计算方案的应用
对内对间电子相关 相关能贡献 简捷计算方案
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2007/12/23
摘要 本文给出了KF和(KF)2体系电子对相关能的计算结果，探讨了1sK2、1sF2及K、F组份内核相关效应分别在K、K+、KF和F、F-、KF体系中的传递性，计算了K与F组份对KF分子体系相关能的贡献值。通过对强离子键体系电子相关能简捷计算方案在KF和(KF)2体系的计算结果，说明该简捷计算方案不仅可以达到化学计算精度的要求而且需要很少的计算工作量。
基于定量序效模型的计算机辅助虚拟疫苗库设计
定量序效模型 虚拟疫苗库 HLA-A*0201分子 CTL表位 遗传算法
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2007/12/23
摘要 给出了基于定量序效模型(QSAM)的计算机辅助虚拟疫苗库设计方案, 并以此为基础成功组建了一个合理规模的HLA-A*0201限制性CTL表位库, 其实现流程如下: (1)从天然氨基酸516种理化性质经主成分分析(PCA)得到一种新的氨基酸描述子: 氨基酸综合性质得分(SP-score); (2)基于SP-score结合遗传-偏最小二乘(GA-PLS)技术建立QSAM模型; (3)利用QSAM...
摘要 在UMP2（FULL）/6-311（d,p）计算水平上，计算并讨论了碳氢自由基(CH_x) 和异氰酸（HNCO）发生氢转移反应位能面上驻点的结构和分子结构变化，并依据 UMP2的优化构型，进一步采用UQCISD（T）方法对反应途径上的驻点进行了单点能 量计算。研究指出，HNCO同CH_2,CH_3自由基反应时，氢转长期过程在分子间以新 的C-H键生成和旧的N-H键的断裂的协同方式进行，反应途...
气相中Cu+和Zn+与CS2反应的计算研究
过渡金属离子 二硫化碳 反应机理 密度泛函理论
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2007/12/23
摘要 以Cu+和Zn+与CS2反应作为第一过渡金属离子与CS2反应的范例体系. 采用密度泛函UB3LYP/6-311+G*方法计算研究了第一过渡金属离子在基态和激发态与CS2反应的反应机理. 全参数优化了反应势能面上各驻点的几何构型, 用频率分析方法和内禀反应坐标(IRC)方法对过渡态进行了验证. 并用UCCSD(T)/6-311G*方法对各驻点作了单点能量校正. 在Cu+与CS2反应中, 计算了...
摘要 介绍了目标化合物析分系统中所用到的三个重要算法。它们是：最短拓扑距离的求解、析分过程结束的判别以及合成树的构建。分子结构中任意两个原子之间最短拓扑距离的求解是建立在采用队列数据结构的宽度优先搜索算法基础上的，析分过程结束的判别是由在新Morgan算法基础上产生的化合物的唯一编码和B－树两种算法构成，前者是为了将前体与原料库中每个化合物是否同构的复杂问题简化为码之间的比较问题；后者是一种高效文...
密度泛函理论下的分子电负性Ⅲ: 分子总能量的直接计算
电负性 密度泛函理论 STO-3G从头计算 基态总能量
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2007/12/23
摘要 本文根据密度泛函理论, 在分子基态总能量表达式中, 考虑了组成原子的内在能量、电负性和硬度的价态特征, 并引入协调原子间相互作用能项的k因子,不仅使处理和解释更为合理, 而且大大提高了计算精度和适用范围。据此, 我们提出和设计了一个直接计算体系基态总能量的新方案, 可广泛应用于各类分子和基团, 同时给出了一套较为普遍的实用参数, 通过上百个大小分子或基团的实际计算, 结果与从头计算结果符合相...
精确计算化学键解离能的ONIOM-G3B3方法及其在抗氧化剂研究中的应用
ONIOM-G3B3 密度泛函理论 键离解能 维生素E 茶多酚
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2007/12/23
摘要 通过对179个有机化合物C—H, N—H, O—H键离解能的理论计算, 系统评估了高精度组合从头算方法(ONIOM-G3B3)和密度泛函理论方法(B3LYP)在预测键离解能上的可靠性. 研究发现ONIOM-G3B3方法可以准确预测各类有机化合物的键解离能, 精度达到5.9 kJ/mol. 运用ONIOM-G3B3方法成功预测了两类重要的天然抗氧化剂维生素E族和茶多酚族的键解离能, 并进一步讨...
含S-P-N键的磷烯正离子及其相关物的结构和性质的从头计算
结构分析 化学键 从头计算法 净电荷 平衡状态 磷烯正离子
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2007/12/23
摘要 本文对5-甲硫基-3-N-苯基-2,3-2(H)-1,3,4,2-噻二唑磷茂啉的磷烯正离子等三个相关分子的平衡几何构型进行了从头算解析能量梯度方法的全优化计算. 优化结果表明, 二配位磷烯正离子与相应的三配位磷母体分子的结构有本质的差异.形成二配位磷烯正离子后,磷所在的五员环形成共轭体系而使原来的单键键长变短, 原来的双键键长变长, 且使原来不共面的五员环共面. 在优化的平衡几何处进行单点C...
摘要 本文采用LCAO-CO/SCF ab initio方法计算了聚对苯硫醚掺杂前后的能带结构、电荷分布等。由此探讨了聚对苯硫醚可能的导电机理, 定量地研究了其结构与导电性的关系。
摘要 根据分子中基团的特性和连接性，将基团贡献法和化学键贡献法结合在一起，发展了一种直接根据分子结构信息计算烷烃沸点的新方法-基团键贡献法，此方法同时具有基团贡献法和化学键贡献法的特点。对753种烷烃(C2～C100)的计算结果表明，沸点计算值与实验值的一致性令人满意，平均误差0.46%。
计算机自动识别拓扑等价性方法研究
拓扑 计算机识别 路径指数 环指数
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2007/12/22
摘要 本文介绍了一个计算机自动识别有机化合物结构图中原子的拓扑等价性的新方法, 该方法引入了路径指数和环指数等新的图的不变量以表征节点的拓扑环境, 由此正确地且高效地进行原子的等价类划分。