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Computational Mining and Survey of Simple Sequence Repeats (SSRs) in Expressed Sequence Tags (ESTs) of Dicotyledonous Plants
computational mining simple sequence repeats Expressed Sequence Tags
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2015/5/26
DNA markers have revolutionized the field of genetics by increasing the pace of genetic analysis. Simple sequence repeats (SSRs) are repetitions of nucleotide motifs of 1 to 5 bases and are currently ...
Computational Mining and Survey of Simple Sequence Repeats (SSRs) in Expressed Sequence Tags (ESTs) of Dicotyledonous Plants
computational mining simple sequence repeats Expressed Sequence Tags
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2015/1/9
DNA markers have revolutionized the field of genetics by increasing the pace of genetic analysis. Simple sequence repeats (SSRs) are repetitions of nucleotide motifs of 1 to 5 bases and are currently ...
基于454 GS FLX高通量测序的团头鲂ESTs中微卫星特征分析
团头鲂 EST-SSR 特征
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2013/10/17
微卫星或简单重复序列(Simple Sequence Repeat,SSR)广泛存在真核生物的基因组中, 因其数量丰富、多态性高、共显性等特点[1], SSR 标记被公认为目前遗传学研究中最令人信赖的分子标记之一, 被广泛应用于动植物的遗传研究和育种实践中。其中, 表达序列标签
(Expressed Sequence Tag, EST)微卫星(EST-SSR)反映基因的编码部分, 可以为功能基因...
本项研究以雌性草鱼肠道为实验材料,采用非均一化的Oligo—dT引物定向克隆技术构建了草鱼肠道组织的
cDNA文库,对文库质量的分析结果表明:cDNA文库的库容量至少为2.3×lo5,重组率达95% ,平均插入片断长度
大于1000bp。挑取cDNA克隆进行5’端测序,总共进行了1571个成功反应,其中l4ll条ESTs长度大于100bp,初步
拼接得到939个单基因簇(Unigene),其...
鸡下丘脑cDNA文库的构建及部分克隆ESTs序列初步分析
鸡 下丘脑 cDNA文库 表达序列标签
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2008/2/5
摘要以鸡下丘脑为实验材料,以λgt10为载体,构建了鸡下丘脑cDNA文库。结果表明,文库的滴度为3.8×106,重组率为80%,插入片段大小集中在1.0~3.0kb之间。从cDNA文库中随机挑取10个克隆,并对其ESTs进行了测定和初步分析。经BLASTn和FASTA3分析后发现,4个ESTs在鸡中已有同源序列,4个在人或其他物种中也可以找到同源序列,有两个为未知功能基因。所测10个ESTs序列均...
筛选代表小鼠植入前胚胎紧密化相关基因的ESTIdentification of ESTs of Genes Related to Compaction in Preimplantation Embryos of Mouse
植入前 紧密化 抑制消减杂交 差异表达 小鼠
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2008/1/10
摘要
分别收集181及241枚昆明白小鼠8细胞早期胚胎及8细胞紧密化胚胎,采用SMART PCR方法直接合成胚胎双链cDNA。进而运用抑制消减杂交技术(SSH)对8细胞早期胚胎及8细胞紧密化胚胎的基因表达进行研究,并将所获得的差异表达产物按片段大小分段分离纯化后克隆入pUCm-T载体中,经PCR鉴定后挑选阳性克隆进行测序,筛选出27个代表8细胞早期胚胎和紧密化8细胞胚胎差别表达基因的cDNA片段...
基于比较基因组学的玉米ESTs定位方法
表达序列标签(ESTs) 比较作图 基因组 分子标记
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2007/12/21
描述了以水稻基因组数据和玉米与水稻的比较遗传图谱为桥梁,基于水稻和玉米间存在的标记和序列水平上的广泛的共线性,对大量的玉米ESTs初步定位于玉米连锁群上新方法,为对ESTs开展进一步的基因组学研究和基因克隆提供参考信息。对139条玉米ESTs的定位发现,96条玉米ESTs(69%)可在水稻基因组中找到同源序列,77条ESTs(55%)可使用该策略进行定位,证实了该方法的可行性和有效性。
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