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中国科学院城市环境所在河流水库水体中微生物残体DNA干扰微生物多样性方面获进展(图)
城市环境所 河流水库 水体 微生物群落
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2023/9/1
微生物残体DNA广泛存在于陆地和水域生态系统中。从水环境样品中提取的微生物DNA通常来自活体微生物和死亡微生物残体。环境DNA高通量测序技术的应用,显著提高了微生物群落检测的效率和通量,而无法区分微生物细胞的死活状态。因此,基于环境DNA的微生物群落分析会造成一些微生物多样性和群落组成的错误估计。已有研究使用叠氮溴化丙锭(Propidium monoazide,PMA)染色方法,可选择性地结合死细...
随着气候与生态问题的不断涌现,气候环境变化与生态系统响应研究的重要性日益凸显,而传统方法逐渐难以满足深入研究的需要.现代分子生物技术的快速发展使针对湖泊沉积物的DNA分析逐渐被引入相关研究中,有效弥补了传统研究方法的不足,为研究者提供了理解过去气候和环境变化、生态系统响应的新视角.湖泊沉积物中的DNA蕴藏着丰富的生物群落演变信息,不仅是重建古气候、古环境变化历史的有力工具,更有助于研究生态系统的长...
基于DNA条形码技术的浮游动物休眠卵种类鉴定:以洞庭湖流域常德柳叶湖为例
浮游动物 休眠卵 DNA条形码技术 COⅠ基因 洞庭湖流域 柳叶湖
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2020/9/17
以洞庭湖流域的典型城市湖泊常德柳叶湖表层沉积物中浮游动物休眠卵为研究对象,采用DNA条形码技术进行种类鉴定,从191个休眠卵中成功获得101条有效序列,鉴定成功率约为53%.根据NCBI数据库比对成功鉴定休眠卵9科12属11种,另有6个样品鉴定到属或科;3个类群的种间遗传距离平均为种内遗传距离的68倍,表明可以利用线粒体细胞色素c氧化酶第一亚基编码基因(COⅠ)对休眠卵进行有效物种鉴定.通过Nei...
湖泊沉积物中DNA提取与PCR扩增
湖泊沉积物 微囊藻 DNA提取 PCR扩增
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2009/1/20
对湖泊沉积物中保存的生物大分子—DNA进行研究分析,以探讨湖泊生态系统随环境改变而演变的过程。根据前人对土壤和海洋沉积物DNA的提取方法,针对湖泊沉积物的特点进行改进,在此基础上对太湖梅梁湾湖泊沉积岩芯进行DNA提取和扩增。结果表明:不同深度湖泊沉积物均能获得DNA,且纯度较高,OD260/ OD280均大于1.4、OD260/ OD230大于1.1,可直接用于PCR(polymerase cha...
通过改进裂解温度和延长裂解时间并增加苯酚/氯仿洗脱次数的DNA提取方法获得南京玄武湖底泥中的DNA,通过PCR法来扩增微囊藻的16SrRNA基因. 结果表明在所有采样点中均得到微囊藻基因组DNA,并且纯度较高,OD260/OD280均高于1.54,最高值达到1.89. PCR的扩增结果显示所有样点的DNA都得到212 bp 大小的微囊藻16SrRNA基因片断,表明这种方法可以有效的从底泥中提取微囊...
以三峡库区所设A、B、C、D、E、F和G等7个站点为研究区域, 利用RAPD技术就其浮游生物群落遗传多样性与物种多样性的关系进行了探索性研究. 共鉴定出浮游生物41种, 其中藻类4种, 原生动物10种, 轮虫类19种, 枝角类4种, 桡足类4种. 物种组成相似性最高的是B站和C站, 最低的是A站和F站. 而站点间浮游生物群落遗传距离分析表明: 相距最近的是C站与D站, 最远的为D站与F站. 树状聚...