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谷子SBP蛋白基因家族的鉴定及表达分析
谷子 SiSBPs 生物信息学分析 表达分析
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2020/12/10
为了深入分析SBP基因家族在谷子中的功能作用,本研究在谷子全基因组水平,通过NCBI blast及HMMER search等生物信息学方法进行了谷子SBP基因家族鉴定,分析了SBP蛋白理化性质及系统发育,利用RT-qPCR分析了谷子SBP基因在PEG和ABA胁迫下的表达情况。结果表明,谷子SBP基因家族有19个成员,位于9条染色体上,编码的氨基酸序列长度为199~1 118 aa。谷子SBP蛋白系...
大豆SBP转录因子家族的预测分析
SBP家族 转录因子 大豆
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2015/10/8
SBP转录因子基因家族是一个植物的特异转录因子家族，SBP基因都含有一段保守的核苷酸序列即DNA结合结构域，又称为SBP盒（SBP-box），SBP盒编码的蛋白质序列称SBP结构域（SBP-domain），含79个氨基酸残基，并具有高度保守性。该研究通过对拟南芥、水稻等植物已知的转录因子与大豆基因组数据比对，并设置一系列严格的筛选标准，共得到44条新的大豆SBP转录因子；又通过基因分析注释以及启动...
苹果全基因组SBP-box基因家族分析及代表成员的分子克隆
苹果 SBP-box家族 分子进化 基因克隆
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2014/2/26
从金冠苹果基因组中鉴定出33个SBP-box家族基因，其中20个为miR156的靶基因。通过进化分析，对该家族成员进行了系统分类和功能预测。大部分预测的基因在富士苹果基因组中存在并表达，并且发现可变剪切在该家族基因中高频出现。在富士苹果中克隆了4个代表性成员基因，即MdSPL2、 MdSPL11、MdSPL13和MdSPL33；与金冠相比，MdSPL33是一个缺失第2和3外显子的剪切本，并具有2个...